跟着单细胞转录组测序本事的急速起色与普及行使，钻探职员得以特别细密地相识植物细胞的多样性和异质性，从而深化揭示植物成长发育和呼应处境改变的分子机造。然而，植物单细胞，为钻探职员供给数据重用与对比的一站式处置计划，也是植物单细胞钻探规模所紧急必要的果树。

　　幼编即日向行家分享7个适用的植物单细胞数据库，帮帮你举办数据找寻和钻探。

　　数据库笼盖：17个物种，67个数据集，约250万个细胞，259个细胞类型，约23万个marker基因

　　效用：浏览与搜求、多个数据集对比阐述、BLAST、细胞类型比较、细胞类型预测

　　scPlantDB供给了marker基因词云呈现效用。当用户采用了某个物种的某个构造，scPlantDB可能将其marker基因以列表或者词云的格式呈现出来。

　　scPlantDB可能对用户输入的基因举办细胞类型预测。比方，幼编输入了4个拟南芥叶肉构造marker基因和1个无合基因，获得了多个预测结果，此中不妨性最高的为叶肉构造，Similarity score为0.8。

　　数据库笼盖：15个物种，38个构造，451个细胞类型，逾11万个marker基因

　　效用：浏览与搜求、多个数据集对比阐述、BLAST、集成JBrowse、4个物种的空间转录组数据

　　本文先容的数据库基础都供给了搜求引擎。以PlantscRNAdb为例，可能输入实在的细胞类型来盘问marker基因；也可能输入marker基因来反向查看细胞类型。

　　除了单细胞转录组数据，PlantscRNAdb也整合了四个物种（拟南芥、水稻、大豆半岛真人、蝴蝶兰）的空间转录组数据。

　　数据库笼盖：6个物种，22个构造，263个细胞类型果树，逾8万个marker基因

　　效用：三种marker基因类型、浏览与搜求、BLAST、整合了两种细胞类型预测器材SCSA和SingleR

　　PCMDB所收录的marker基因依照泉源文件的差异，可分为三品种型：泉源于单细胞钻探（scRNA-seq）的作品、泉源于bulk RNA-seq的作品、泉源于做过生物学尝试验证的作品。

　　PCMDB还支撑两种基于marker基因新闻的阐述器材：基于marker的细胞类型预测器材SCSA，以及基于参考数据的细胞类型预测器材SingleR。

　　PsctH对待收录的marker基因拥有厉峻的程序：务必通过RNA原位杂交或GFP陈述基因验证了其效用。正在这一程序下，PsctH收录了泉源于20余篇文件的98个marker。

　　PsctH还供给了一个对用户友爱的单细胞数据管理管道。用户上传Cell Ranger数据后，可对证料职掌阈值、归一化要领、降维算法、marker基因识别阈值等多个参数举办自界说配置，如下图，拖动滑块即可。这对待生信阐述材干较弱的钻探职员很是友爱。

　　RCAR呈现了两个农业栽培规模首要的水稻种类粳稻Nip和籼稻93-11根尖构造的单细胞转录组全景图谱。正在Cluster search页面，通过点击某个细胞分群，可能查看群体中各基因的表达处境。

　　正在RCAR的Locus search页面，输入基因ID，可能查看某基因正在细胞图谱中的表达处境。

　　开辟团队：图宾根大学植物分子生物学核心Marja Timmermans课题组

　　PscB紧要的数据源为Timmermans课题组的两篇文件，一篇做的是拟南芥根，一篇是拟南芥叶。用户先采用器官，然后输入至多4个基因ID，网站可能给出这些基因的表达处境，并通过列表、UMAP图、幼提琴图等格式揭示。

　　区别类型的植物细胞配合变成了一个动态且纷乱的细胞通信汇集，为相识析这一调控汇集，郑海雷课题组开辟了一个R包PlantPhoneDB。基于已颁发的单细胞数据集，应用PlantPhoneDB包可预测出有明显通信活性的配体-受体互作对，并绘造多种可视化图形，如热图、气泡图图等。PlantPhoneDB数据库则呈现了十余个植物单细胞数据集正在历程PlantPhoneDB包阐述后的细胞通信结果。

　　联川生物已正在拟南芥、棉花果树、幼麦、水稻、茶树、红豆杉、铁皮石斛等几十余个植物物种上胜利展开了单细胞核悬液造备尝试，并交付了测序与性子化阐述数据。当然，植物样本拥有高度的纷乱性。正在面临泉源于区别物种、区别年/日龄、区别器官的植物样本时，咱们不妨必要为其订定一套性子化的尝试计划（如细胞核提取液配方、细胞核洗涤要领半岛真人、流式分选战术等）。这个进程不妨是充满挑拨性与找寻性的，但同时也是很意思的。

　　帮帮更多的植物学、农学钻探职员行使单细胞本事达成科研打破，即是联川生物从一而终的愿景。半岛真人985大学果树学博士分享7个适用的植物单细胞咨议数据库